Ils sont 100 000 milliards repartis le long du tube digestif. Ces micro-organismes, appelés « flore intestinale » ou « microbiote », jouent un rôle important dans le bon fonctionnement du corps. Leur qualité et leur diversité impactent bien plus que la digestion. Le disfonctionnement du microbiote influe sur la probabilité de souffrir de diabète sucré, d’obésité morbide ou de troubles de l’humeur.

Trois grands groupes bactériens

Le microbiote humain est traditionnellement divisé en trois grands groupes (les phylum) : Actinobactéries, Firmicutes et Bactéroidetes. Le plus imposant est le phylum des Firmicutes avec plus de 200 genres différents, parmi lesquels on retrouve : Lactobacillus, Clostridium, Mycoplasma, Enterococcus et Ruminococcus. Le plus petit est le phylum des Actinobactéries, qui se rapproche des champignons.

La flore intestinale est unique et caractéristique de chaque individu. C’est un outil d’identification précis d’une personne, un peu comme une empreinte digitale.  

Trois entérotypes de microbiote

Il existe trois entérotypes de microbiote en fonction de l’alimentation.

Le premier est le type Bactéroides. Il est associé à une consommation accrue de protéines animales et graisses saturées. L’entérotype Bactéroides est impliqué dans la production des vitamines B2 (riboflavine) et B7 (biotine).

Le deuxième entérotype, Prevotella, correspond à une ingestion régulière et en quantité importante de fibres et de glucides complexes. Il aide le corps à fabriquer des vitamines B1 (thiamine) et B9 (acide folique).

Le troisième et le plus fréquent, est l’entérotype Ruminococcus. Associé à la consommation d’alcool et graisses polyinsaturés, il contribue à dégrader les mucines.

Outre l’alimentation, on référence un certain nombre de facteurs capables influencer la composition de la flore intestinale : terrain génétique, ethnie, allaitement maternel, prise d’antibiotiques, chirurgie visant à poser un bypasse, etc.

La flore dominante devient de plus en plus complexe, mais de moins en moins diversifiée avec l’âge. En vieillissant, on observe une augmentation des genres opportunistes tels que Clostridium et Enterococcus.

Finalement, en comparant les flores intestinales des individus sveltes avec celles des individus en surpoids, on constate une différence de taille. Les microbiotes dominants des sujets minces et des sujets obèses, notamment atteints de syndrome métabolique, de diabète de type 2 ou d’affections chroniques intestinales, sont significativement différents.

Il est possible d’intervenir pour rétablir la diversité d’un microbiote sain. C’est un domaine de la médecine en plein essor qui fait l’objet de nombreuses recherches scientifiques et études cliniques.